Фамилия Мицкина — женская форма от Мицкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Мицка. Это типичная модель с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: Мицкин буквально означает «сын (или потомок) Мицки». В русской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых, он даёт ответ на вопрос «чей?».

Основа Мицка — это, скорее всего, уменьшительная форма от крестильного имени Дмитрий. В народной речи имя Дмитрий (или его просторечный вариант Митяй) давало целый ряд производных: Митька, Митюха, Мицка. Переход «т» в «ц» — явление, характерное для русских говоров (ср. «цётя» вместо «тётя»). Таким образом, Мицка — это ласкательное или обиходное обращение к Дмитрию, а Мицкин — его потомок.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с западнославянским влиянием. В польском, чешском и словацком языках есть корень «mick-», который восходит к имени Миколай (Николай) или к слову «micka» — в некоторых диалектах так называли кошку или ласково девушку. Однако для русской фамилии, особенно с суффиксом -ин, первая версия (от Дмитрия) выглядит естественнее: она вписывается в общерусскую модель образования фамилий от канонических имён.

Географически фамилия Мицкина не привязана к одному региону, но чаще встречается в областях, где было распространено имя Дмитрий в народных формах — Центральная Россия, Поволжье. Встречаются и однокоренные варианты: Мицков, Мицкевич (последний уже явно белорусского или польского происхождения). Фамилия не относится к дворянским — её носили крестьяне и мещане, у которых прозвище или имя отца закрепилось как родовое в документах XIX века.

В написании «Мицкина» ударение, скорее всего, падает на первый слог — Ми́цкина, хотя в некоторых говорах возможно смещение на второй.