Фамилия Мыцкина — женская форма, а её основа мужская — Мыцкин. Это типичная «патронимическая» фамилия, образованная от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Мыцкин буквально значит «сын Мыцки» или «человек из рода Мыцки». В русской ономастике такие фамилии чаще всего встречаются в северных и центральных регионах, где -ин был основным способом образования фамилий от слов, оканчивающихся на -а/-я.

Самая вероятная основа — слово «мыцка». В русских говорах, особенно в новгородских и псковских, так называли мышь. Прозвище Мыцка могли дать маленькому, юркому, тихому или суетливому человеку. Такие прозвища от названий животных в крестьянской среде были обычным делом: они не несли оскорбления, а скорее подмечали внешность или характер. Менее вероятно, но возможно, что «мыцка» — вариант слова «мычка» (пучок льна или шерсти для прядения). Тогда прозвище могло относиться к прядильщику или человеку с растрёпанными волосами.

Другие версии выглядят натянутыми. Например, связь с польским myc (мыть) маловероятна: фамилия Мыцкин имеет вполне славянский, русский облик, а не польский суффикс. Попытки вывести её от имени Мыца (сокращение от Дмитрий или Еремей) не находят подтверждения в старых переписных книгах — такого уменьшительного имени не зафиксировано.

Сословно фамилия Мыцкина, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянские роды с такой фамилией в истории не отмечены. Встречается она нечасто, в основном в центральной России и Поволжье. Если искать корни, стоит обратить внимание на старые писцовые книги Новгородской, Тверской или Костромской губерний — там прозвище Мыцка могло бытовать.