Фамилия Мицкун — яркий пример того, как географическая привязка и языковое влияние соседних народов формируют русские фамилии, отличные от классических моделей на -ов и -ин. Её основа — личное имя или прозвище Мицко, которое является западнославянской, скорее всего польской или белорусской, уменьшительной формой от имени Миколай (Николай). Суффикс -ун в данном случае выполняет роль, схожую с русским -ец или -ич: он указывает на принадлежность, происхождение или характерный признак человека. Таким образом, Мицкун — это «сын Мицко» или «человек из рода Мицко».

Эта фамилия практически не встречается в центральных великорусских губерниях, её ареал — западные и юго-западные регионы бывшей Российской империи: современные Беларусь, Украина, а также Польша и Литва. В русском контексте фамилия закрепилась в тех областях, куда переселялись или где издавна жили носители польско-белорусских говоров. Встречаются варианты написания — Мицкун, Мицкунь, но основная форма устоялась именно с твёрдым окончанием, что характерно для фамилий, попавших в русскую среду из польского языка через устную речь.

Интересно, что фамилия Мицкун стоит в ряду однокоренных, но образованных по разным моделям: Мицкевич (с типичным польским патронимическим суффиксом -евич), Мицко (усечённая форма, ставшая фамилией) и Мицкун. Последний вариант — самый редкий и локальный. Он мог возникнуть не только как патроним, но и как прозвище человека, выделяющегося чем-то, например, упрямством или громким голосом (по аналогии с диалектными словами вроде «крикун»), но первичное значение всё же отсылает к имени.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мелкая шляхта в тех же западных губерниях. Разобрать, кем был конкретный предок по роду занятий, по самой фамилии невозможно — она указывает исключительно на родство и на то, что в семье помнили предка по имени Мицко (Николай).