Фамилия Мисьников образована от имени или прозвища Мисьник. Основа «Мись-» восходит к каноническому имени Михаил (от древнееврейского «кто как Бог»), которое в народной речи дало множество сокращённых форм: Мись, Мисюк, Мисей. Суффикс «-ник» в данном случае указывает на принадлежность к роду деятельности или характерный признак. В старину «мисьником» могли назвать человека, носившего имя Миса (форма Михаила), либо того, кто занимался каким-то делом, связанным с этим корнем.

Интереснее разобрать модель образования. Фамилии на «-ников» встречаются реже, чем на «-ов» или «-ин». Они часто возникали от прозвищ, оканчивавшихся на «-ник»: мельник — Мельников, плотник — Плотников. Мисьников — не исключение. Первичное прозвище Мисьник могло означать «сын Миси» или «тот, кто служит у Миси», если считать Мисю уменьшительным от Михаила. По другой версии, в основе лежит древнерусское слово «мись» — так в некоторых говорах называли мышь. Тогда Мисьник — мышелов, охотник на мышей, либо прозвище мелкого, юркого человека. Эта версия менее вероятна, но вполне допустима для прозвищной среды XVI–XVII веков.

Географически фамилия привязана к центральным и южнорусским областям, а также к Украине. Встречается в старых переписях Курской, Воронежской, Харьковской губерний. Это указывает на то, что предки Мисьниковых были крестьянами или однодворцами — людьми, которые несли пограничную службу и жили на южных рубежах России. Суффикс «-ов» добавился по стандартной модели: сын Мисьника стал Мисьниковым.

Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) подтверждают, что фамилии на «-ников» от прозвищ с суффиксом «-ник» — продуктивная группа, но каждая конкретная фамилия требует отдельного разбора. Мисьников — редкий случай, где основа не очевидна с первого взгляда, но при этом прозрачна для историка языка.