Фамилия Мисолин образована от прозвища или имени Мисоля. В основе лежит, скорее всего, диалектное слово «мисоль» — так в некоторых русских говорах называли миску, чашку, а также человека с круглым, полным лицом. Прозвище могли дать за внешность или за то, что человек точил или делал деревянную посуду — мисы.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Мисоли). В отличие от более распространённого -ов, суффикс -ин крепится к основам на -а или -я, что подтверждает: исходное имя было Мисоля. Ударение в фамилии, вероятно, падает на второй слог: Мисо́лин.

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России. Есть вероятность, что в редких случаях Мисоля — это народная форма крестильного имени Мисаил (древнееврейское «испрошенный у Бога»). Однако более правдоподобна именно бытовая, прозвищная версия: слишком непохоже звучание на церковное имя, а связь с конкретным предметом обихода и внешностью даёт ясную и простую мотивировку.

Однокоренных фамилий немного: Мисологов, Мисолов — они встречаются ещё реже и обычно указывают на ту же профессию (мисолог — тот, кто делает мисы). Носители фамилии Мисолин в прошлом, скорее всего, были ремесленниками или крестьянами, получившими прозвище по заметной черте облика.