Фамилия Мисошник — редкая и морфологически прозрачная, что позволяет довольно уверенно говорить о её происхождении. Она образована по типичной для русских и украинских фамилий модели: основа + суффикс -ник, который указывает на лицо по профессии, роду занятий или характерному предмету (ср. сапожник, плотник, огородник). В основе лежит слово «мисо» или «миса» — в южнорусских и украинских говорах так называли миску, большую чашу для еды. Соответственно, Мисошник — это человек, который делал миски (гончар, специализировавшийся на этой посуде) либо, что менее вероятно, тот, кто торговал ими.

Слово «миса» (от греческого «μίσα» через церковнославянское посредство) широко бытовало в диалектах Черноземья, Слобожанщины и Украины. В письменных источниках фамилия Мисошник встречается спорадически, но её географическая привязка, скорее всего, лежит именно в этих регионах — там, где слово «миса» было обиходным, а гончарный промысел развит. На это же указывает и суффикс -ник, который в украинской ономастике так же продуктивен, как и в русской.

Менее правдоподобная, но не исключённая версия связывает фамилию с прозвищем «Мисошник» — так могли называть любителя плотно поесть, «мисочника», то есть того, кто не прочь опустошить миску. Однако в русской традиции прозвища по гастрономическим привычкам чаще образовывались с суффиксами -ун, -ан (едун, лизун), чем -ник, поэтому ремесленная версия выглядит убедительнее.

В дореволюционных списках и метрических книгах фамилия Мисошник не фиксируется как дворянская или купеческая — она типично крестьянская или мещанская, что подтверждает её происхождение от профессии либо бытового прозвища рядового человека. Сегодня носители фамилии встречаются в основном в России и на востоке Украины, но она остаётся малочисленной, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: каждый известный случай может быть прослежен до конкретной местности и ремесленного корня.