Фамилия Мисоян — яркий пример армянской модели фамилии, указывающей на происхождение от личного имени или прозвища. В основе лежит мужское имя Мисак (арм. Միսաք), которое, в свою очередь, восходит к библейскому имени Мешак (один из трёх отроков, не сгоревших в печи вавилонской). Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — стандартный армянский патронимический показатель, означающий «принадлежащий к роду такого-то». Таким образом, Мисоян буквально переводится как «потомок Мисака».

Интересно, что в русской передаче фамилия получила характерное окончание -ян, хотя в самой Армении встречаются варианты с окончанием -янц (Мисоянц), что ближе к классической армянской патронимической форме. В отличие от многих русских фамилий, которые часто застывали в форме родительного падежа множественного числа (как «Иванов»), армянская модель оставалась прозрачной: корень практически не менялся, а суффикс указывал на родство.

Фамилия Мисоян распространена в основном среди армян, происходящих из Западной Армении (исторические области на территории современной Турции) и Нагорного Карабаха. Армянский лингвист и ономатолог Р. А. Ачарян в своих работах по антропонимии отмечал, что фамилии на -ян с библейскими основами особенно характерны для армян, принявших христианство в раннем Средневековье, — они фиксировали связь с ветхозаветными или новозаветными персонажами.

В социальном плане фамилия не указывает на конкретное сословие: её могли носить и ремесленники, и крестьяне, и священники. Поскольку имя Мисак не было исключительно церковным, а бытовало как обычное личное имя, Мисояны встречаются в самых разных слоях армянского общества. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки носителей этой фамилии не были кочевниками или горцами с устойчивыми родовыми именами — они жили в оседлых общинах, где фамилии формировались по отчеству, а не по месту жительства или ремеслу.