Фамилия Миссакиан — почти наверняка армянская. Её выдает суффикс -ян (в русской транскрипции часто -иан), который в армянском языке выполняет ту же роль, что русские -ов или -ин: указывает на принадлежность, происхождение. В дословном переводе Миссакиан означает «из рода Мисака» или «принадлежащий Мисаку».

Основа фамилии — личное имя Мисак. Это армянская форма библейского имени Манассия (Менаше). В Ветхом Завете Манассия — сын Иосифа, родоначальник одного из колен Израилевых. Имя означает «заставляющий забыть» или «забывающий» (о трудностях). В армянской среде имя Мисак было распространено, и от него пошли фамилии с разными суффиксами, но Миссакиан — одна из самых узнаваемых форм.

Сдвоенная «с» в русском написании — результат передачи армянской фонетики через кириллицу. В оригинале на армянском фамилия пишется как Միսակյան (Misakyan). Двойное «с» закрепилось в паспортах, потому что армянский звук «с» в середине слова перед гласным звучит чуть дольше и твёрже, чем русский, и для точности его иногда удваивают при записи.

Носители фамилии Миссакиан — это потомки человека по имени Мисак. Скорее всего, они происходят из исторической Западной Армении (территория современной восточной Турции) или из районов, где в XIX — начале XX века жили армянские общины: Карабах, Сюник, область Васпуракан. После геноцида армян 1915 года многие семьи с этой фамилией рассеялись по миру — в Россию, Францию, США, Ливан.

Среди известных носителей можно назвать разве что отдельных деятелей армянской диаспоры, но широкой публике эта фамилия не знакома. Она не дворянская и не купеческая — скорее всего, предки были ремесленниками, крестьянами или священниками. В армянской ономастике фамилии на -ян не давали социального статуса, они просто указывали на родство.