Фамилия Мисса — одна из тех, где короткая форма обманчива: за ней может скрываться и прозвище, и географическое имя, и даже иностранное происхождение. Разбираться с ней интереснее всего через географию бытования и возможные исходные корни.

Самая вероятная версия связывает фамилию Мисса с итальянским или южнославянским влиянием. В итальянском языке «messa» означает «месса», «обедня». Прозвище Мисса могли дать человеку, который регулярно посещал церковные службы, либо, напротив, церковному служителю, связанному с проведением литургии. Однако в русском контексте фамилия могла возникнуть и через польское или белорусское посредничество, где «msza» (месса) дало бы ту же основу. В этом случае фамилия Мисса — это вариант фамилии Мша или Мшец, встречающейся в западных регионах.

Вторая версия — прозвищная, от диалектного слова «мисса» в значении «миска», «чашка». В некоторых говорах так называли большую деревянную или глиняную посуду. Прозвище Мисса мог получить либо гончар, либо человек с крупной головой или широким лицом — по ассоциации с формой. Эта версия менее вероятна, но имеет право на существование, особенно если фамилия встречается в среде потомков ремесленников.

Третий возможный источник — фамилия Мисса могла быть образована от уменьшительной формы крестильного имени Дмитрий (через формы Митя, Мисся) или Михаил (Миса). В таком случае она попадает в ряд фамилий, образованных от народных вариантов канонических имен без суффиксов — так называемые «полуотчества». Однако такая модель (прямое прозвище без суффикса -ов/-ин) для русских фамилий редка и чаще встречается на Украине или в Белоруссии.

Суффикса в фамилии нет — окончание -а указывает на женский род в русском языке, но сама фамилия склоняется как существительное мужского рода (Мисса, Миссы, Миссе). Такая форма типична для фамилий украинского, польского или итальянского происхождения, где окончание -а не меняет родовой принадлежности.

Встречается фамилия Мисса в основном в южных и западных областях России, на Украине, а также в среде потомков итальянских переселенцев, осевших в Крыму и на Черноморском побережье в XIX веке. В итальянском варианте фамилия могла быть записана как Messa, а при русификации потеряла одну букву «с».

Известных носителей с этой фамилией мало, и она не относится к числу распространенных. Это именно та фамилия, где происхождение определяется только по семейной истории: если предки были из западных губерний — скорее всего, церковное прозвище; если из южных — возможно, ремесленное; если есть итальянские корни — то фамилия напрямую связана с католической традицией.