Фамилия Мизафаров — редкая и с трудом поддающаяся однозначному толкованию. Её основа — «Мизафар» — не встречается в списках распространённых русских календарных имён, что сразу указывает на вероятное заимствование. Словообразовательная модель проста: тюркское имя или прозвище плюс русский патронимический суффикс -ов, типичный для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья.

Наиболее правдоподобная версия связывает Мизафара с арабским именем Музаффар (от корня «зафара» — побеждать, одерживать верх). В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, это имя прижилось в формах Мөзәффәр, Мозаффар, а в русской записи могло дать варианты вроде Мизафар, Мизяфар. Чередование «з» и «с» в корне (Мизафар вместо Музаффар) — обычное явление при адаптации арабизмов через устную речь: звук [з] в тюркских диалектах мог озвончаться или, наоборот, оглушаться. Таким образом, Мизафаров — это «сын (потомок) Музаффара», то есть Победителя.

Менее убедительна, но возможна связь с персидским «мехр» (любовь, солнце) или с тюркским «миза» (особенность, нрав). Однако эти гипотезы не подкрепляются устойчивой ономастической традицией, тогда как имя Музаффар хорошо документировано у татар и башкир с XVI века. Фамилия Мизафаров, скорее всего, возникла в среде служилых татар или тептярей, чьи потомки после крещения получали фамилии по имени отца.

Географически фамилия тяготеет к регионам расселения казанских татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается она и в Челябинской области, что связано с миграциями заводских крестьян и казаков в XVIII–XIX веках. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — её носители принадлежали к сословию государственных крестьян, мещан или купцов, что типично для поздних патронимических фамилий из тюркской среды.