Фамилия Мизгеева образована от прозвища или имени Мизгей, которое, скорее всего, восходит к диалектному слову «мизгать» — в некоторых русских говорах так называли моргать, щуриться или смотреть прищурившись. Человек с таким прозвищем мог иметь привычку щуриться, близоруко всматриваться или обладать характерной манерой смотреть. Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с древним личным именем Мизгей, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Михаил (через народные формы Мизга, Мизгай) или от имени Дмитрий (в просторечии Митя → Мизга). Однако диалектная основа выглядит убедительнее, поскольку прозвища по внешним признакам и поведению — один из самых частых источников русских фамилий.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Мизгеев — буквально «сын Мизгея». Модель образования типична для русских фамилий, особенно распространённых в северных и центральных регионах. Фамилия довольно редкая, её очаги встречаются на стыке Нижегородской, Владимирской и Ивановской областей — в местах, где диалектное слово «мизгать» фиксируется в этнографических записях. Это косвенно подтверждает связь с местными говорами.

В отличие от фамилий, образованных от очевидных ремёсел (Кузнецов) или церковных имён (Иванов), Мизгеева стоит в ряду прозвищных фамилий, которые в XIX веке нередко попадали в крестьянскую среду. Сословного барьера у неё нет: носители могли быть как вольными хлебопашцами, так и бывшими крепостными. Ударение в фамилии плавающее — встречаются варианты Мизге́ева и Мизгеева́, но в литературной норме предпочтительно на второй слог.

Однокоренные фамилии — Мизгирёв (от «мизгирь» — паук) и Мизганов — не являются прямыми родственными, хотя звуковое сходство иногда приводит к путанице в старых переписях. Спорных версий происхождения у фамилии немного, и самая слабая — связь с тюркским корнем «миз» (медь) — не подтверждается ни географией, ни историей расселения рода.