Фамилия Мизгеев — редкий пример, когда за основу взято диалектное слово, почти утраченное в литературном языке. Её ядро — «мизгарь», так в южных и поволжских говорах называли паука-птицееда или, шире, любого крупного ядовитого паука. Человек, получивший такое прозвище, мог быть худым, длинноруким, цепким или обладать скверным, «ядовитым» характером — прозвища по паукам давали не за красоту, а за неприятные черты. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования: Мизгарь → Мизгарев → со временем, при беглом произношении, «га» могло стянуться в «зг», дав форму Мизгеев. Впрочем, возможен и более прямой путь: если в основе лежало слово «мизгун» (тот же паук, но в рязанских говорах), фамилия звучала бы как Мизгунов, а Мизгеев — это вариант, где основа сократилась при добавлении суффидента.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «миз» — «медь», «медный». Тогда Мизгеев мог означать «сын медника» или человека, работавшего с медью. Но против этого говорит география: фамилия встречается почти исключительно в русских областях — в старых переписях Пензенской, Тамбовской, Саратовской губерний, где паучье прозвище было в ходу. Кроме того, в тех же краях бытуют фамилии Мизгирёв и Мизгарев, что подтверждает связь с «мизгарём», а не с металлом.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду других «паучьих» прозвищ — Пауков, Паучков, Тенетников (от «тенёта» — паутина). Но Мизгеев выделяется тем, что его основа почти исчезла из обихода: сегодня «мизгарь» помнят разве что диалектологи. Для носителя фамилии это значит, что предок жил в южной чернозёмной полосе, возможно, в крестьянской среде, и получил прозвище от соседей за внешность или нрав — не лестное, но цепкое, раз пережило века и закрепилось в официальной фамилии.