Фамилия Мизеев — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, физическая или поведенческая характеристика. Её ядро — слово «мизга», которое в русских говорах означало «моргание», «мигание», а также «жмурение» или «щурение». Человек, которого прозвали Мизга или Мизгай, мог иметь привычку щуриться, часто моргать или обладать слабым зрением. Суффикс -ев указывает на притяжательную модель: Мизеев — буквально «сын Мизея» или «из рода Мизея».

Вероятный путь образования: от прозвища Мизга (или его уменьшительной формы Мизей) через патронимический суффикс. Глагол «мизгать» в диалектах означал «мигать», «смотреть щурясь», а в некоторых областях — «спать» или «дремать». Так что прозвище могло закрепиться за сонливым или близоруким человеком. Встречаются и однокоренные фамилии — Мизгирёв, Мизгунов, но Мизеев стоит особняком: у него редкий суффиксальный переход, который мог возникнуть в результате стяжения (Мизга → Мизей → Мизеев) или под влиянием местного произношения.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектная лексика с корнем «мизг-» была распространена. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Мизга, но в фамильной форме Мизеев фиксируется позже, что типично для недворянских родов. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или мещанской: фамилия не попала в списки столбового дворянства и не связана с известными боярскими родами.

Альтернативная, но менее убедительная версия выводит фамилию от тюркского имени Мизей (возможное заимствование через татарское «миз» — медь), однако отсутствие характерных тюркских суффиксов и прозрачная славянская семантика делают эту гипотезу слабой. Важно не путать Мизеева с фамилией Мизеров — та образована от «мизерный» (бедный, малый) и имеет совсем другую историю.

В современной России фамилия встречается редко, в основном в Пермском крае, Кировской и Нижегородской областях. Носители часто интересуются её значением, подозревая иноязычное происхождение, но корень здесь чисто русский, диалектный.