Фамилия Мизеная — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии происхождения. В русской ономастике фамилии, оканчивающиеся на -ая, почти всегда указывают на женскую форму прилагательного или на происхождение от названия местности. Чаще всего такие фамилии встречаются на юге России и Украине, где была распространена модель «Мизеный» → «Мизеная» для обозначения женщины из рода Мизеных. Но есть и другая, более конкретная нить.

Корень «миз-» в русских говорах имеет несколько значений. В южнорусских и украинских диалектах «мизный» означает «маленький», «мелкий», «низкорослый» — от общеславянского «мизъ» (малый). Прозвище Мизеный могли дать невысокому человеку или младшему в семье. Однако есть и версия, что основа связана с литовским «mizas» (мелкий, крошечный) — это возможно, учитывая исторические контакты с балтскими народами в западных регионах России.

Но самая правдоподобная версия — топонимическая. В Белоруссии и на Смоленщине есть несколько деревень с названием Мизены (например, Мизены в Витебской области). Житель такой деревни получал прозвище Мизеный, а его жена или дочь — Мизеная. Фамилия могла закрепиться за переселенцами, переехавшими в другие губернии и сохранившими указание на прежнее место жительства. В этом случае Мизеная — не женская форма, а исходная фамилия, которая бытовала в форме прилагательного, характерной для западнорусских говоров.

В написании фамилии возможны варианты: Мизеная, Мизенная, Мизенна. Двойное «н» встречается реже, но может указывать на более позднее оформление фамилии по церковнославянской модели (от «мизенный» — скудный, ничтожный, хотя это слово почти вышло из употребления). В любом случае, фамилия Мизеная — штучный экземпляр, и её носители, скорее всего, связаны с конкретным регионом запада России или востока Белоруссии, где «мизеный» звучало как понятное бытовое слово или название родной деревни.