Фамилия Мизенин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Мизенин образована от топонима Мезень. Мезень — это город в Архангельской области, расположенный в 273 километрах к северо-востоку от Архангельска, в устье реки Мезень. В 1600 году основаны Окладникова и Кузнецова слободы, которые были торговым центром в бассейне реки Мезень, центром пушного и рыбного промыслов. В 1780 году эти слободы были объединены в уездный город Мезень. Город застроен деревянными домами. Вероятно, основатель рода Мизениных был уроженцем этого города, либо долгое время жил здесь. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Мизеня со временем получил фамилию Мизенин. О точном месте и времени возникновения фамилии Мизенин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мизенин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.