Фамилия Мизенов — одна из тех, где на первый взгляд ясный корень обманчив. Если слышится в ней что-то «немецкое» (ср. Мизен, Мизенау) или напоминает географическое название (итальянский мыс Мизено), то для русской фамилии это, скорее всего, случайное совпадение. Основная версия происхождения — прозвищное, от диалектного слова «мизень», которое в разных говорах означало то же, что и «мизинец»: самый младший ребенок в семье, последыш. В тверских и псковских говорах «мизюра» — это маленький, невзрачный человек, а «мизенок» — детеныш, малыш. Таким образом, Мизенов — это потомок человека, которого в деревне прозвали Мизеном, то есть младшим сыном или просто невысоким, щуплым парнем.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель: «чей?» — Мизенов, то есть сын Мизена. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская, и встречается она не повсеместно, а с заметной концентрацией в центральных областях России, особенно в бывшей Тверской губернии и соседних регионах. Там же фиксируются однокоренные фамилии — Мизенков, Мизюрев, Мизеров, что подтверждает общность диалектной основы.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с названием реки Мизен (Мизенка) или с тюркским словом «мизен» (знак, метка). Но в русской антропонимике такие топонимические фамилии обычно оформляются суффиксом -ский (Мизенский), а не -ов. Поэтому прозвищное объяснение остается основным.

Интересная деталь: в старых документах фамилия могла писаться через «и» — Мизенов, но в некоторых говорах звучала как «Мезенов» (от «мезень» — тоже мизинец), что создавало путаницу с фамилией от названия реки Мезени. Однако Мизенов — самостоятельная форма, и её носители в большинстве своём — потомки того самого «маленького» предка.