Фамилия Мизенина образована от топонима Мезень. Мезень — это город в Архангельской области, расположенный в 273 километрах к северо-востоку от Архангельска, в устье реки Мезень. В 1600 году основаны Окладникова и Кузнецова слободы, которые были торговым центром в бассейне реки Мезень, центром пушного и рыбного промыслов. В 1780 году эти слободы были объединены в уездный город Мезень. Город застроен деревянными домами. Вероятно, основатель рода Мизениных был уроженцем этого города, либо долгое время жил здесь. Не исключено, что именование Мизеня восходит к тюркскому имени Мизан, которое в переводе на русский означает «весы (название созвездия)», «название седьмого месяца солнечного года (с 22 сентября по 21 октября)». Это имя традиционно давали мальчикам, родившимся в этом месяце. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Мизеня со временем получил фамилию Мизенина.