Фамилия Мизюрко — яркий пример того, как украинская модель фамилии «схватила» редкое прозвище. Её основа — прозвище Мизюра, а суффикс -ко указывает на происхождение с территории современной Украины или юга России, где такие формы были особенно распространены в XVII–XVIII веках. Суффикс -ко в украинской ономастике выполнял сразу две функции: он мог быть уменьшительно-ласкательным (как в словах «батько», «синко») или указывать на принадлежность к роду («чей?» — Мизюрин, но украинский аналог — Мизюренко, а краткая форма — Мизюрко). Таким образом, Мизюрко — это, скорее всего, «маленький Мизюра» или «сын Мизюры».

Сам корень «мизюр» — тёмный и редкий. Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «мизюрить» или «мизюкать», который в некоторых говорах означал «говорить невнятно, мямлить, бормотать». В этом случае прозвище Мизюра давали человеку с тихой, неразборчивой речью, или же тому, кто говорил себе под нос. Менее убедительная, но встречающаяся гипотеза — связь с «мизгирь» (паук, тарантул), но фонетически переход «гирь» в «зюр» маловероятен без промежуточных форм, которых в документах не зафиксировано.

Географически фамилия Мизюрко привязана к левобережной Украине и южным уездам Российской империи. В метрических книгах XIX века носители фамилии встречаются в Полтавской, Харьковской и Екатеринославской губерниях, а также среди казачьего населения Кубани. В переписях мещан и казаков такие фамилии на -ко были нормой, поэтому Мизюрко мог быть и казаком, и крестьянином, и мещанином — сословная принадлежность по суффиксу не определяется.

В современной России фамилия остаётся редкой, но не исчезнувшей. Её носители живут в Краснодарском крае, Ростовской области и в Москве. В украинском варианте фамилия пишется так же, но ударение может смещаться на последний слог — Мизюрко́, тогда как в русском языке чаще ударение на первый слог — Ми́зюрко.