Фамилия Мнушкинова образована от личного прозвища или мирского имени Мнушка, и у её происхождения есть две основные версии, которые заметно различаются по смыслу.

Первая гипотеза связывает основу фамилии с глаголом «мнуть» в значении «есть», который употреблялся в псковских краях. Тогда Мнушкой в народе могли прозвать обжору или сладкоежку — человека, который любил часто и помногу перекусывать. Прозвища, отражающие привычки в еде, на Руси встречались нередко, так что такое объяснение имеет право на существование, хотя и выглядит несколько бытовым.

Вторая версия выглядит более вероятной. Согласно ей, имя Мнушка — это видоизменённая форма древнееврейского имени Минух, которое переводится как «мир, покой». В этом случае предок носителя фамилии Мнушкинова, скорее всего, был иудеем, а само имя попало в обиход через межнациональные контакты в тех регионах, где бок о бок жили разные народы.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Мнушк- последовательно добавились притяжательный суффикс -ин-, указывающий на принадлежность («чей-то потомок»), и фамильный суффикс -ов- с родовым окончанием -а. Такая двойная суффиксация встречается в русских фамилиях, когда имя-основа уже имело уменьшительную форму на -ка, а затем от неё строили фамилию по стандартной схеме.

Итог одинаков для обеих версий: потомок человека по прозвищу или имени Мнушка со временем получил фамилию Мнушкинова. Какая из трактовок ближе к истине, сегодня сказать сложно, но версия с именем Минух выглядит убедительнее из-за смысловой нагрузки и меньшей натянутости.