Основой фамилии Мнушкинова послужило мирское имя Мнушка. Фамлия Мнушкинова, возможно, связана с употреблявшимся в псковских краях глаголом «мнуть» - «есть». В этом случае Мнушкой могли прозвать обжору или сладкоежку, много и часто перекусывавшего. Согласно другой, более вероятной гипотезе, данная фамилия произошла от видоизмененной формы древнееврейского имени Минух, которое переводится на русский язык как «мир, покой». Скорее всего, предок обладателя фамилии Мнушкинова был иудеем. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мнушка, со временем получил фамилию Мнушкинова.