Фамилия Мнушко — редкая, и её разговорный облик не даёт сразу угадать основу. Скорее всего, она происходит от прозвища или имени Мнуш, которое, в свою очередь, связано с глаголом «мнуть» (или «мять»). В диалектах «мнуша» или «мнуш» могли называть человека, который мнёт лён, кожу или глину — то есть ремесленника, занятого мялкой, вальцом или толчей. Однако есть и другая, более бытовая версия: в говорах «мнушкой» могли прозвать постоянно недовольного, ворчливого человека, который «мнёт» слова, или, наоборот, того, кто мнётся, не решается. Обе гипотезы не противоречат словообразовательной модели.

Суффикс -ко (в исходной форме Мнушко) — типичный для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где он часто указывал на уменьшительность, прозвищность или принадлежность к роду. В украинской ономастике фамилии на -ко особенно распространены на Левобережье и в Слобожанщине. Мнушко могло быть прозвищем, закреплённым за одним человеком, а затем перешедшим к его детям без дополнительных суффиксов (как в польской и западнорусской традиции). Встречаются и однокоренные фамилии — Мнухин, Мнушкин, Мнухов, но Мнушко стоит особняком: оно короче и звучит как прямое прозвище, а не как притяжательное прилагательное.

В словарях фамилия не зафиксирована как широко известная, но её можно встретить в архивных записях XIX века по Полтавской и Черниговской губерниям, а также среди переселенцев на Кубань. Встречается и вариант с ударением на первый слог — Мнушко, что характерно для восточноукраинских говоров. В русской среде фамилию могли русифицировать, меняя окончание на -ов, но исходная форма сохранилась у части носителей.

Таким образом, предки современного Мнушко, скорее всего, жили на территории современной Украины или юга России и получили прозвище по занятию (мятьё сырья) либо по характерной черте поведения. Никакой связи с «мну» как формой глагола «мнить» здесь нет — это народное переосмысление, которое не подтверждается реальной ономастической практикой.