Фамилия Мнушкина — женская форма, а её мужской вариант — Мнушкин. Вопреки интуиции, в основе этой фамилии не лежит слово «мну» (от глагола «мять»). Здесь сработала типичная для русских фамилий модель: сначала было прозвище или мирское имя, а потом к нему добавили суффикс принадлежности -ин.

Корень здесь — Мнушк-. В русских говорах слово «мнушка» или «мнушко» — ласкательное обозначение внука, то есть маленького ребёнка. Сравните: «внук» — «внучок» — «мнучок», а через чередование звуков и редукцию получилось «мнушка». Так могли назвать младшего в семье, позднего или особенно любимого ребёнка. Прозвище Мнушка давали не в насмешку, а скорее как домашнее, тёплое имя, которое потом закрепилось в официальном документе.

По другой, менее вероятной версии, Мнушкин мог произойти от профессии или орудия труда: «мнушка» — это приспособление для разминания чего-либо (кожи, глины). Но эта гипотеза слабее: такая лексика почти не встречается в источниках, а вот ласкательные формы родства — обычное дело для русских фамилий.

По суффиксу -ин видно, что фамилия севернорусского происхождения или из регионов, где было сильно влияние новгородских земель. В южных и западных областях чаще использовали суффикс -ов/-ев, так что Мнушкины — скорее выходцы из центральной или северной части России.

Фамилия редкая. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральных губерний. В дворянских родословных книгах Мнушкины не числятся — это крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждается и характером прозвища: «внучек» давали в простой семье, без претензий на знатность.