Фамилия Мнускина, скорее всего, имеет женскую форму, а её мужской вариант — Мнускин. Это типичная «патронимическая» фамилия, образованная с помощью суффикса -ин, который в русской традиции указывал на принадлежность: «чей?» — «Мнускин», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Мнуска.

Корень фамилии — «мнус-» — сразу вызывает вопрос. Первое, что приходит на ум, — связь с глаголом «мнуть» (мять, давить). В таком случае прозвище Мнуска мог получить человек, который мял что-то в работе: например, кожевник, разминавший кожи, или пекарь, месивший тесто. Однако есть и другая, более редкая версия: основа может восходить к диалектному слову «мнус» — так в некоторых говорах называли хмурого, угрюмого или медлительного человека. Сравните с «мнуться» в значении «колебаться, мяться».

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит искажённое личное имя. Например, уменьшительная форма от канонического имени Мануил (в просторечии — Мануйло) могла звучать как Мануся или Мнуся. Но это уже область предположений, так как прямых документальных подтверждений такой трансформации для фамилии Мнускина нет.

Географически фамилия встречается редко, что указывает на её локальное происхождение. Скорее всего, она возникла в среде крестьян или ремесленников центральной России или Поволжья, где суффикс -ин был особенно распространён. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от названий профессий (Кузнецов), Мнускин — яркий пример прозвищной фамилии, где за основу взяли не занятие, а характерный признак или действие человека.