Фамилия Мнускин — один из тех редких случаев, когда основа настолько неочевидна, что сразу вызывает вопросы. На слух она кажется или искусственной, или искажённой. На деле же перед нами типичная «матронимическая» фамилия, образованная от женского имени, но с необычной огласовкой.

В основе лежит имя Мнуха или Мнуся. Это не официальное церковное имя, а народная, ласкательная форма от канонического женского имени Минодора (греч. «дар луны») или, что вероятнее, от редкого имени Минна. В русских говорах «м» могло смягчаться, а гласная «и» переходить в «у» под влиянием аканья или простонародного произношения: Минна — Минюха — Мнуха. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мнускин буквально значит «чей?» — сын (или потомок) Мнуски. Мнуска — это та же Мнуха, но с суффиксом -к-, который в русских фамилиях часто добавлялся к женским именам (ср. Машка → Машкин, Дунька → Дунькин).

Версия с мужским именем Мнус маловероятна: такого имени в святцах и в быту не зафиксировано. Попытки связать фамилию с глаголом «мнуть» (мну, мнёшь) тоже не выдерживают критики — прозвище Мнус или Мнуха от действия (тот, кто мнёт) не образовалось бы с таким суффиксом.

Географически фамилия редкая, но встречается в центральных и южнорусских областях, а также у еврейского населения черты оседлости, где матронимические фамилии (от имени матери) были особенно распространены. В еврейской среде Мнускин могло произойти от женского имени Мнуха (идишская форма библейского имени Менахем, но в женском варианте) или от уменьшительного от Минна. В любом случае, носитель фамилии — потомок женщины, которую в семье или в деревне звали Мнухой, Мнусей или Мнуской.