Фамилия Мнушкин — один из тех редких случаев, когда за основу взято не имя, не профессия, а глагол. Корень здесь — «мн-» от «мнуть, сжимать, давить». В старину «мнушкой» или «мнухой» могли назвать того, кто мнёт что-то: кожу, глину, тесто, лён. В говорах «мнуха» — это и мялка для льна, и сам работник, занятый этим делом. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был ремесленником, связанным с обработкой мягких материалов — кожевником, валяльщиком шерсти или пекарем, который месил тесто.

Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: Мнушкин буквально значит «сын Мнушки» или «человек из рода Мнушки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с уменьшительным суффиксом «-к-»: Мнушка — это не просто «мнущий», а скорее человек, к которому относились с пренебрежением или лаской, как к «мнухе». В словаре Б. Унбегауна похожие фамилии (Мнухин, Мнушкин) отмечены как редкие, что подтверждает нетипичность такого прозвища.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и от диалектного слова «мнушка» — так в некоторых областях называли небольшую мялку для льна. Тогда Мнушкин — потомок того, кто делал или продавал такие инструменты. В любом случае, связь с действием «мять» остаётся главной.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных регионах России, где было развито льноводство и кожевенное ремесло. Встречается она нечасто, и это делает её особенно ценной для генеалогического поиска: носители Мнушкиных, скорее всего, связаны общим корнем, уходящим в крестьянскую или ремесленную среду XVII–XVIII веков.