Фамилия Модакалова — редкая и неочевидная по корню. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность (чей сын? чья дочь?), остаётся основа «Модакал». В русской ономастике это почти наверняка вариант фамилии Мадакалов или Модакалов, где корень связан с тюркским или кавказским прозвищем.

Самая вероятная версия: от тюркского личного имени или прозвища «Мадакал» (в диалектах — «Модакал»). В ряде тюркских языков «мадак» означает «хвастун», «задира» или, наоборот, «ловкий, удалой». Суффикс -ал мог придавать значение «склонный к чему-то»: Мадакал — «тот, кто любит похвастаться» или «задира». Со временем гласная «а» в первом слоге перешла в «о» под влиянием акающих говоров (где безударное «о» произносится как «а», а на письме закрепилось «о»). Встречается и написание «Мадакалова» — это исходный, более прозрачный вариант.

Менее правдоподобная, но возможная версия — от названия населённого пункта. В Дагестане есть село Модакал (ныне Модакаль, часть Ботлихского района). Житель такого села мог получить фамилию Модакалов. Однако для русской фамильной модели с суффиксом -ов это нетипично: обычно фамилии от географических названий образуются через -ский (Модакальский). Скорее всего, Модакалов — это русифицированная форма тюркского или кавказского родового имени.

Фамилия Модакалова — ясный пример того, как за русским суффиксом и окончанием скрывается нерусская основа. Носители фамилии, вероятно, происходят из регионов с тюркским населением (Поволжье, Северный Кавказ) или из казачьих областей, где такие прозвища приживались. Встречается она редко, и каждый её носитель — хранитель не самого распространённого, но выразительного прозвища предка.