Фамилию Модаков чаще всего выводят из прозвища Модак. В русских говорах слово «модак» имело несколько значений, и все они связаны с характером или внешностью. В диалектах Вологодской и Архангельской областей «модаком» называли привередливого, капризного человека, того, кто «модничает», то есть ведёт себя неестественно, ломается. В других регионах, особенно на юге России, «модак» — это просто щеголь, франт, человек, который следит за одеждой и хочет выделиться. Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище либо за излишнюю придирчивость, либо за любовь к нарядам.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Модаков — сын Модака. Фамилия образована по той же схеме, что Петров или Иванов, только в основе лежит не церковное имя, а мирское прозвище. Это характерно для крестьянской и мещанской среды, где фамилии часто закреплялись за целым родом по имени или прозвищу главы семьи.

Встречается и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах слово «мода» означало «мера», «способ». Отсюда «модак» мог быть прозвищем человека, который всё делал по правилам, по мерке, возможно, плотника или портного. Но эта гипотеза слабее: основное значение слова «модак» в словарях русских народных говоров — именно «капризник» или «щеголь».

Фамилия Модаков довольно редкая. Основной ареал её бытования — центральные и северные области России, особенно Костромская и Вологодская губернии. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли её в XVIII–XIX веках. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ: они редко попадали в дворянские родословные книги, но сохранились в крестьянских и купеческих семьях.