Фамилия Могальков образована от прозвища или нецерковного имени Могалько. Основа мог- связана с глаголом «могать» — в русских говорах это значило «мочь, быть в силах, справляться». В некоторых диалектах «могаль» — человек сильный, работящий, способный. Суффикс -к- в основе (Могалько) — типичный для украинских, белорусских и южнорусских прозвищ уменьшительно-ласкательный или просто фамильярный: так называли человека по характерному признаку. Затем фамильный суффикс -ов превратил прозвище в фамилию: Могалько → Могальков, то есть «сын или потомок Могалька».

Вероятнее всего, фамилия имеет южнорусское или украинское происхождение. На это указывает и суффикс -ко, и географическая привязка: фамилия Могальков встречается в документах по Курской, Белгородской, Воронежской областям, а также на Слобожанщине. В этих краях прозвища на -ко были особенно распространены среди крестьян и казаков. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем могал (могол) — так в старину называли выходцев из Монголии или кочевников, но в русском языке это слово почти не дало фамилий с суффиксом -к-.

Сравните с однокоренными фамилиями: Могалов, Могаль, Могальский. Могальков стоит особняком благодаря двойному суффиксу — редкое явление, когда прозвищный суффикс -к- сохраняется перед фамильным -ов. Это говорит о том, что фамилия сложилась довольно поздно, в XVII–XVIII веках, когда прозвище уже закрепилось в быту. Сословно Могальковы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, реже — казаками. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет.

Искать фамилию в архивах стоит по южным уездам России и восточной Украине. Если предки были из Курской губернии, это почти наверняка крестьянский род с прозвищем, данным за силу или умение.