Фамилия Могдаленко — один из тех украинских фамильных типов, которые сразу выдают своё происхождение. Формант -енко, характерный для Поднепровья и Левобережной Украины, указывает на то, что фамилия сложилась в среде казачества или крестьянства в XVI–XVII веках. В буквальном смысле Могдаленко — это «сын Могдала» или «потомок человека по прозвищу Могдал».

Ключевой вопрос — что скрывается за основой «Могдал». В украинской и русской ономастике нет устоявшейся версии, но наиболее вероятно, что это народная, диалектная форма крестильного имени Магдалин или Магдалина. В православной традиции имя Магдалина (от Марии Магдалины) было распространено, но в быту его часто сокращали и искажали: Магда, Магдаля, Могдаля. От такой обиходной формы и могло возникнуть прозвище Могдал, а затем и фамилия Могдаленко. Суффикс -л- в основе (Могдал) характерен для украинских прозвищных образований от имён.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с географическим названием. В Западной Украине и Польше встречаются топонимы вроде Могдаль, Могдалы, но они редки, и маловероятно, что фамилия массово пошла от них. Кроме того, не стоит путать Могдаленко с фамилией Могдиленко, которая может иметь тюркские корни (от «могди» — сильный, могучий в некоторых тюркских языках), но для Могдаленко такая этимология выглядит натянутой.

Фамилия встречается преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Поволжье. Социально предки носителей фамилии были, скорее всего, казаками или вольными крестьянами: суффикс -енко в тот период активно использовался именно в этих слоях, в отличие от польской шляхты или московского дворянства, где преобладали фамилии на -ский/-цкий или -ов/-ев.