Фамилия Могильникова — женская форма фамилии Могильников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или профессионального наименования Могильник. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «Могильников» буквально означало «сын Могильника» или «из семьи Могильника». Основа здесь прозрачна, хотя и мрачна на первый взгляд: «могила» и её производные.

Разберёмся, кем мог быть тот самый Могильник. Самая прямая версия — человек, по роду деятельности связанный с кладбищем: копатель могил, сторож на погосте или мастер, изготовлявший надгробия. В русских говорах, особенно в северных и центральных областях, «могильником» называли не только место захоронения, но и самого могильщика. Такая фамилия не была редкостью среди крестьян и посадских людей — работа не самая почётная, но необходимая, и прозвище закреплялось за родом.

Есть и другой, менее очевидный вариант. В некоторых диалектах «могильник» — это название крупной хищной птицы, орла-могильника (Aquila heliaca). Птица получила имя из-за привычки селиться на старых курганах и пустырях. В этом случае прозвище могло отражать внешность или повадки человека: сутулый, с орлиным носом, живущий замкнуто. Такие прозвища по птицам — обычное дело для русской ономастики (сравните Соколов, Орлов, Ястребов).

Спор между этими версиями решается в пользу первой — профессиональной. Фамилии на -ников чаще образовывались от названий занятий (Кузнецов, Плотников, Мельников), а не от имён птиц. К тому же, орел-могильник — птица относительно редкая, и прозвище по ней было бы локальным, тогда как кладбищенская тема универсальна для любого региона.

Интересна и словообразовательная деталь: в фамилии Могильникова сохранился суффикс -ник, который в русских фамилиях часто указывает на деятеля или владельца (сапожник → Сапожников, огородник → Огородников). Редкость фамилии — не в её основе, а в том, что она не стала массовой, как те же Кузнецовы. Вероятно, род Могильниковых был немногочислен и географически привязан к одной местности, возможно, к южным или центральным губерниям России, где и кладбищенская служба, и птица-могильник встречались чаще.