Фамилия Могильникова — это женская форма фамилии Могильников, и чтобы понять её происхождение, нам нужно разобраться с мужской основой. Вопрос этот не такой простой, как кажется: у слова «могильник» в русском языке несколько значений, и каждое из них могло стать источником прозвища.

Самая прямая и очевидная версия отсылает к нарицательному «могила». В этом случае прозвище Могильник мог получить человек, имеющий к ней прямое отношение. Чаще всего так в старину называли могильщика — того, кто копал могилы и хоронил умерших. Это было необходимое, но тяжёлое ремесло, и прозвище по нему закреплялось за человеком прочно, а затем переходило к его детям как фамилия. Потомок человека с таким прозвищем и получил фамилию Могильников, а его жена или дочь — Могильникова.

Однако есть и менее мрачная трактовка. В некоторых говорах «могильником» называли не только кладбище, но и древний курган, насыпь над захоронением. Прозвище могли дать человеку, жившему у такого кургана, владевшему землёй рядом с ним или же имевшему какую-то отличительную черту, связанную с этим местом. В этом случае фамилия носила не профессиональный, а скорее топографический характер, указывая на место жительства предка.

Существует и третья версия, которая уводит нас от печальной символики в сторону географии. Нельзя исключать, что в основе фамилии лежит название города Могилёв. Таких городов два: один в Белоруссии, другой на Украине. Выходцы из этих мест часто получали прозвища по названию своей родины. Так, человек, переехавший из Могилёва, мог получить прозвище Могильник, и его потомки стали Могильниковыми. Эта версия вполне правдоподобна, хотя и менее частотна, чем версия о роде занятий.

Что касается формы Могильникова, то она образована по стандартной для русского языка модели: к основе мужской фамилии Могильников добавилось окончание -а, указывающее на принадлежность женщине. Такая форма — не самостоятельное прозвище, а отражение семейной принадлежности: дочь или жена Могильникова.

Из всех версий наиболее убедительной выглядит первая — связь с профессией могильщика. Она проста, логична и хорошо вписывается в общую картину образования русских фамилий от названий ремёсел. Версии о кургане и городе Могилёве менее вероятны, но полностью отметать их нельзя: без письменных источников о конкретной семье утверждать что-то наверняка невозможно. В каждом конкретном случае происхождение фамилии могло быть своим.