Фамилия Магильников — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или внешностью, а с местом жительства или родом занятий. Корень здесь — «магиль» или «могиль», что в русских говорах означало «могила», «кладбище», «погост». Человек, получивший прозвище Магильник, мог жить рядом с кладбищем, работать на нём (например, копать могилы) или же просто происходить из села с названием вроде Могильное, Могильцы. Форма с «а» в первом слоге — не ошибка, а диалектное «аканье», характерное для южных и центральных областей России. Так что Магильников и Могильников — это варианты одной фамилии, разошедшиеся по произношению.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или отчества: Магильник — сын Магильника. Интересно, что суффикс -ник в основе сам по себе был продуктивным в прозвищах по месту или роду деятельности (ср. Плотник, Мельник, Дворник). То есть прозвище Магильник — не уменьшительное, а именование человека по его примете или профессии. В церковных и бытовых записях XVII–XVIII веков такие прозвища не были редкостью: кладбищенские сторожа, могильщики, а также жители окрестных слобод часто получали фамилии по своему «могильному» соседству.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ник с последующим -ов отмечена как характерная для прозвищ, обозначающих род занятий. Однако для фамилии Магильников есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «магил» (знающий, умелый) или с арабским «магиль» (странник). Но она не подкреплена ни географией фамилии, ни типичной русской словообразовательной цепочкой. Основной массив носителей фамилии Магильников сосредоточен в южных регионах России (Курская, Белгородская, Воронежская области) и на Украине, что как раз совпадает с ареалом «акающих» говоров и с распространением фамилий, образованных от местных прозвищ.

Социально предки Магильниковых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не дворянская и не купеческая: в родословных книгах она не встречается. Это типичная «географическая» или «профессиональная» фамилия, которая закрепилась за конкретным родом в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам. Если ваш предок был Магильниковым, он, вероятно, жил у погоста или сам служил при кладбище — и это не мрачное, а вполне обыденное для того времени занятие, которое дало фамилию многим семьям.