Фамилия Магильникова — женская форма от Магильников, а та, в свою очередь, образована от прозвища Магильник. В основе лежит слово «магиль», которое в южнорусских и украинских говорах означало «могила» или «курган». Речь идет не о смерти, а о земляном возвышении, насыпи. Так на Руси называли кладбищенского сторожа, могильщика, а иногда и человека, жившего рядом с погостом. Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «магильником» называли мастера, который делал намогильные кресты и памятники.

С точки зрения словообразования, фамилия типична для восточнославянского ареала. Суффикс -ник- указывает на род занятий или характерный признак (сравните: мельник, плотник, сапожник). Затем добавился патронимический суффикс -ов, который в русской традиции закрепился за большинством фамилий, образованных от названий профессий. Форма Магильникова, соответственно, принадлежала жене или дочери Магильника.

Географически фамилия тяготеет к бывшим территориям Черниговской, Полтавской и Курской губерний. В этих краях слово «магиль» было в ходу, и фамилия фиксируется в метрических книгах XIX века. Стоит заметить, что в официальных документах того времени написание могло колебаться: встречаются варианты Могильников, Могильникова — через «о», под влиянием литературной нормы. Но форма через «а» (Магильников) сохранила местное, диалектное произношение, что делает её более редкой и ценной для историков языка.

Таким образом, предок носительницы этой фамилии с большой вероятностью был человеком, связанным с кладбищенским обиходом: либо сторожем, либо ремесленником, делавшим надгробия. Фамилия не аристократическая, а крестьянская или мещанская, что подтверждается её прозрачной «ремесленной» основой.