Фамилия Могонина — женская форма, а её мужской вариант — Могонин. Сразу слышится что-то необычное, но на самом деле фамилия образована по самой распространённой в России модели: от отчества или прозвища с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Могонин — «сын Могони» или «человек из рода Могони». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Могоня.

Корень слова — «мог-», который в древнерусском языке означал «сила», «мощь», «возможность». От него образованы слова «мочь», «могу», «могута» (сила, крепость). Прозвище Могоня могли дать сильному, крепкому человеку, который мог многое — физически или в делах. В говорах слово «могота» означало не только силу, но и достаток, богатство. Так что предок-Могоня мог быть зажиточным крестьянином или просто удачливым работником.

Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «могонить» — «медлить, тянуть время». Тогда прозвище могло относиться к человеку неторопливому, даже ленивому. Но эта гипотеза слабее: глагол редкий, а основа «мог-» со значением силы встречается в русских фамилиях гораздо чаще (Могутин, Могутов).

Географически фамилия Могонин встречается не повсеместно. По данным открытых источников, основная зона бытования — центральные и южные регионы России, особенно Нижегородская, Тамбовская и Воронежская области. Встречается также на Урале, что типично для фамилий, распространившихся с переселенцами в XVII–XVIII веках.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано. В XIX веке Могонины числились среди государственных крестьян и однодворцев — тех, кто нёс сторожевую службу на южных границах и сочетал земледелие с военным делом. Это характерно для Тамбовской и Воронежской губерний.

Ударение в фамилии, судя по произносительной норме, падает на второй слог: Мого́нина. Но в некоторых семьях могли ставить ударение на последний слог — по местной диалектной привычке.