Фамилия Могонова звучит непривычно для русского уха, и за этим стоит не менее необычная история. В основе фамилии лежит мужское личное имя Могон, которое, в свою очередь, восходит к бурятскому нарицательному «мойhон» — «черёмуха». Здесь мы видим характерный для тюркских и монгольских народов обычай давать детям имена по названиям растений и деревьев. Давая младенцу такое имя, родители словно поручали его природе: считалось, что ребёнок станет «своим» для окружающего мира, а к нему перейдут полезные свойства черёмухи — стойкость, цветение, жизненная сила. Имя должно было оберегать и приносить удачу.

Морфология фамилии проста: к основе Могон добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем и окончание -а, указывающее на принадлежность женщине. Такая модель типична для фамилий, которые закреплялись за детьми по имени отца. Получается, что буквально Могонова — это «дочь (или жена) Могона». Важно отметить, что фамилия с окончанием -а чаще встречается у женщин, тогда как мужская форма — Могонов. Процесс формирования фамилий у алтайцев и бурят был длительным и завершился относительно поздно, поэтому говорить о точном месте и времени возникновения рода Могоновых можно лишь приблизительно, на основе генеалогических изысканий.

Сам корень фамилии выдает её региональное происхождение — Алтай и Прибайкалье, где веками соседствовали алтайские и бурятские племена. Вероятно, предки носителей фамилии жили в тех местах, где черёмуха была привычным деревом, а её образ прочно вошёл в фольклор. В отличие от многих русских фамилий, образованных от канонических православных имён, Могонова сохранила память о дохристианских, языческих верованиях, где природа играла роль защитника и покровителя.