Фамилия Могылдан — один из тех редких случаев, когда русская по форме фамилия имеет явно тюркские корни. Внешне она напоминает притяжательное прилагательное с суффиксом -ан, который в русском языке для образования фамилий нехарактерен. Гораздо вероятнее, что перед нами русифицированная форма тюркского имени или прозвища, где -дан — это не русский суффикс, а часть основы.

Ключ к разгадке лежит в тюркском слове «могыл», которое восходит к «могол» — так в Средней Азии и Поволжье называли монголов. В историческом контексте это слово могло означать не столько этническую принадлежность, сколько принадлежность к определённому роду или социальной группе. В казахском и татарском языках «могыл» иногда закрепилось как личное имя или компонент сложных имён. Таким образом, основа Могыл- — это либо прозвище («похожий на могола», «смуглый», «воинственный»), либо сокращённая форма от составного имени вроде Могылданбек.

Суффикс -дан в этой фамилии, скорее всего, не русский, а тюркский аффикс исходного падежа или часть сложного имени. В русской среде фамилию могли переосмыслить, добавив к ней окончание как к обычному прилагательному (ср. редкость формы «Могылданов» — она встречается, но «Могылдан» более архаична). Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в документах именно в такой, нестандартной для русского языка форме, что бывает у фамилий крещёных татар, башкир или представителей других тюркских народов, переселившихся в русские губернии.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — юг России, Поволжье и, возможно, Казахстан, где встречаются фамилии с похожей структурой (например, Могылданов). Носители фамилии Могылдан, скорее всего, потомки тюркского рода, предок которого носил имя или прозвище Могыл. Социальный состав мог быть разным: от служилых татар до казаков, так как в казачьей среде нередко фиксировались фамилии тюркского происхождения в необычной грамматической форме.