Фамилия Моисеено — редкий случай в русской ономастике. На первый взгляд она похожа на украинские фамилии с суффиксом -енко (Моисеенко), но здесь окончание -о, а не -ко. Это может быть либо описка в документах, либо диалектная форма, характерная для некоторых регионов, где -енко редуцировалось до -ено. В любом случае, основа фамилии — каноническое имя Моисей, которое пришло на Русь с крещением из древнееврейского: «вынутый из воды» (по библейскому сюжету).

Модель образования проста: от имени Моисей через патронимический суффикс -ен(о) со значением «сын Моисея». В русской традиции такие формы встречались реже, чем -ов или -ин, и чаще фиксировались в южнорусских и украинских землях. Если бы фамилия звучала как Моисеенко, её носители почти наверняка были выходцами с Левобережной Украины или Кубани. Вариант Моисеено мог закрепиться в результате адаптации фамилии в русской среде, где окончание -о воспринималось как более привычное (сравните: Шевченко — Шевчено в отдельных записях).

Прозвище или мирское имя Моисей давали не только в честь библейского пророка. В крестьянской среде его могли выбрать для ребёнка, родившегося в трудный период — по аналогии с «вынутым из воды», то есть спасённым. Церковное имя было распространённым, но не слишком частым, поэтому фамилия Моисеено встречается локально, без широкой географии.

С точки зрения сословной принадлежности — это почти наверняка крестьянская фамилия. Суффикс -ен(о) в русском контексте не характерен для дворянских родов, которые предпочитали формы на -ов или -ский. В метрических книгах XIX века носители фамилии Моисеено могли записываться как государственные или помещичьи крестьяне, реже — мещане.

Сравните с однокоренными фамилиями: Моисеев (самая частая, отчество через -ев), Моисеенков (русская версия с двойным суффиксом), Моисеенко (украинская норма). Моисеено — не ошибка, а живой след регионального произношения или канцелярской записи «на слух». Если вы носите эту фамилию, ваши предки, скорее всего, жили на стыке русских и украинских земель, где языковые границы стирались.