Фамилия Моишеев происходит от имени Моишей — народной, разговорной формы канонического имени Моисей. На Руси церковное имя в быту часто переделывали на свой лад: так Моисей превращался в Моисея, Мосея, а в некоторых говорах — в Моишея. От этой просторечной формы и пошла фамилия, закрепившаяся в документах именно с таким написанием.

Само имя Моисей имеет древнеегипетские корни и, по распространённому толкованию, означает «спасённый из воды» или «вынутый из воды». Библейская история о младенце, найденном в корзине на Ниле, сделала это имя широко известным среди христиан, а на Руси оно попало в святцы и стало использоваться при крещении. Однако в повседневной речи книжная форма часто уступала место более простым вариантам, что и породило целый куст однокоренных фамилий: Моисеев, Мосеев, Моишеев.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе Моишей добавляется притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность. То есть Моишеев буквально означает «сын Моишея», «ребёнок Моишея». Суффикс -ев, а не -ов, появился потому, что основа оканчивается на мягкий согласный (й), что типично для фамилий, образованных от имён и прозвищ с мягким окончанием.

Интересно, что написание через «ш» встречается заметно реже, чем через «с», что делает фамилию Моишеев более редкой и локальной. Вероятно, она закрепилась в тех регионах, где аканье и особенности местных говоров влияли на произношение имени. Если Моисеевы встречаются повсеместно, то Моишеевы чаще фиксируются в южнорусских и среднерусских областях, где переход «с» в «ш» перед гласным был естественным для живой речи.

Носители фамилии в старину, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ев от просторечных форм имён обычно возникали в среде, далёкой от книжной образованности, но при этом фиксировались в переписных книгах и ревизских сказках. Это не дворянская фамилия и не фамилия духовенства — те чаще сохраняли книжную форму Моисеев. Зато Моишеев звучит как живой след народной этимологии, где имя не застыло в церковном виде, а продолжало меняться в устах людей.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Моишеев стоит в одном ряду с Мосейкиным, Моисеичевым, Мосягиным — все они образованы от разных производных форм одного имени. Но именно Моишеев сохранил самую близкую к исходной, хотя и неканоническую, основу, что делает её ценной для тех, кто изучает историю своей семьи.