Фамилия Мохнашин образована от прозвища Мохнаша. Основа здесь — прилагательное «мохнатый», то есть лохматый, косматый, обросший шерстью или волосами. В русских говорах слово «мохнач» означало и зверя с густой шерстью (медведя), и неопрятного, волосатого человека. Суффикс -аш- в основе прозвища (Мохнаша) — редкий, но встречающийся в севернорусских и сибирских говорах; он придаёт слову оттенок просторечной ласкательности или пренебрежения. Фамилия же построена по стандартной патронимической модели: прозвище на -а → притяжательное прилагательное с суффиксом -ин (Мохнашин — «чей?» — «сын Мохнаши»).

Прозвище Мохнаша вряд ли было связано с профессией. Скорее всего, его дали за внешность: густые волосы, бороду, брови — или, реже, за одежду из грубой, ворсистой ткани (мохнатой шерсти). В старину прозвища такого рода были распространены повсеместно, но фамилия Мохнашин фиксируется преимущественно в северных регионах России — в Вологодской, Архангельской, Пермской губерниях. Это косвенно подтверждает диалектный характер суффикса: в южных и центральных областях чаще говорили «Мохнатов» или «Мохначев».

По сословной принадлежности предки Мохнашиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия недворянская, в родословных книгах не встречается. Есть редкий вариант написания — Махнашин, но он может быть результатом аканья или описки. За пределами России фамилия почти не встречается, что говорит о её локальном происхождении.

Если опираться на словарь Б. Унбегауна, модель с суффиксом -ин от прозвищ на -а характерна для северорусского ареала. Никаких легенд о знаменитых носителях или «благородном» корне у Мохнашина нет — это бытовая, «народная» фамилия, которая прямо говорит о внешности далёкого предка.