Фамилия Молакановы — это не отдельный род, а фонетический вариант более распространённой фамилии Молокановы. Такая замена гласной «о» на «а» в корне — типичное явление для русских говоров с аканьем, где в безударной позиции звуки не различаются. Поэтому, когда письменная фиксация фамилии происходила на слух, писарь мог записать её как Молакановы, и этот вариант со временем закрепился за семьёй.

Основа фамилии — прозвище Молокан. Так в России называли последователей одной из разновидностей духовного христианства. Молокане толковали Библию символически, отвергали иконы, святых, церковную иерархию и таинства, считая, что поклоняться Богу нужно «в духе и истине». В быту они строго соблюдали посты, не ели свинину, не пили спиртного и не курили.

Откуда взялось само слово «молокане» — вопрос спорный. Самая ходовая версия связывает его с тем, что эти верующие пили молоко в постные дни, когда православные каноны запрещали любую «скоромную» пищу. За это их в насмешку и прозвали молоканами. Сами последователи течения, впрочем, объясняли название иначе — «духовным молоком», которым питается душа, внимающая Слову Божьему.

Прозвище Молокан, скорее всего, закрепилось за человеком, который либо принадлежал к этому течению, либо был известен в округе своим строгим, аскетичным поведением. Вряд ли его давали случайно: в крестьянской среде прозвища отражали самые заметные черты человека — род занятий, внешность или образ жизни. Потомки этого человека и получили фамилию Молакановы.

Сам суффикс «-ов» указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ и личных имён: он отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Молокана». Такая схема была самой массовой в России в XVI–XVII веках, когда фамилии формировались у крестьян и посадских людей.

Точное время и место появления фамилии Молакановы назвать сложно: акающие говоры распространены на огромной территории — от юга Московской области до Поволжья и казачьих областей. Возможно, предки носителей фамилии жили в тех регионах, где было сильно влияние молоканских общин — например, в Закавказье или на юге России, куда их выселяли в XIX веке. Но это лишь предположение, требующее генеалогических изысканий.