Фамилия Молаканов — это не самостоятельное образование, а фонетический вариант более распространенной фамилии Молоканов. Такая замена гласного «о» на «а» в первом слоге — типичное явление для русских говоров, где безударный звук редуцируется и произносится почти одинаково. На письме это «аканье» и закрепилось, превратившись в отдельный вариант фамилии. По сути, перед нами одна фамилия в двух обличиях, и искать её корни нужно в прозвище Молокан.

Прозвище Молокан восходит к существительному «молокан» — так называли последователя одной из разновидностей духовного христианства. Молокане — течение старообрядческого толка, возникшее в России в XVIII веке. Их вероучение строилось на символическом толковании Библии: они не признавали икон, святых, церковной иерархии, а поклонение Богу совершали «в духе и истине». Бытовые запреты тоже были строги: молокане не ели свинину, не пили спиртного и не курили.

Откуда взялось само слово «молокане» — вопрос спорный. Наиболее ходовая версия связывает его с тем, что эти люди пили молоко в постные дни, когда православные каноны запрещают «скоромную» пищу. За такое демонстративное нарушение поста их и прозвали молоканами, и прозвище приклеилось намертво. Другие версии ищут корень в библейских образах «млека» и «меда» как символов духовной пищи, но первая гипотеза выглядит убедительнее — она объясняет именно насмешливый, бытовой оттенок прозвища.

Вероятно, прозвище Молокан получил человек, либо придерживавшийся этого вероучения, либо чем-то напоминавший окружающим его последователя — строгостью в еде, нелюдимостью или особым складом речи. Прозвище быстро стало обиходным именованием, вытеснив крестильное имя, и закрепилось за главой семьи. А уже его потомки, дети и внуки, получили отчество-фамилию Молаканов (или Молоканов) — по отцу, как это было принято в русской традиции: «чей?» — «Молоканов сын».

Так что носитель фамилии Молаканов почти наверняка потомок человека, которого в округе знали под прозвищем Молокан. Была ли его семья действительно молоканской по вере или прозвище носило иронический оттенок — теперь уже не установить, но связь с этим религиозным течением остаётся главной и самой правдоподобной версией происхождения.