Фамилия Молоканов в большинстве случаев восходит к прозвищу Молокан. Так в России называли представителей религиозного течения, которое отвергало церковную иерархию, иконы и духовенство, полагаясь на буквальное чтение Писания. Секта молокан сложилась на рубеже XVIII—XIX веков в Тамбовской губернии, а затем распространилась на соседние уезды — Ряжский, Скопинский, Михайловский и Сапожниковский. Именно в этих местах фамилию Молоканов и фиксируют раньше всего.

Прозвище Молокан закреплялось за человеком, который либо сам принадлежал к секте, либо был известен округе своим вольнодумством в вопросах веры. Позже, по обычной для русской ономастики модели, потомки такого человека получили отчество-фамилию: Молоканов — то есть «сын Молокана». Суффикс -ов здесь указывает на принадлежность роду, а сама модель образования типична для большинства русских фамилий, сложившихся в крестьянской и купеческой среде.

Стоит оговориться: фамилия Молоканов могла возникать и независимо от сектантской темы. В некоторых говорах прозвище Молокан давали любителю молока, молочнику или человеку со светлыми, «белыми» волосами. Однако основная и самая правдоподобная версия всё же связана с религиозным движением, поскольку ареал фамилии совпадает с зоной распространения секты.

О точной дате появления фамилии говорить сложно: процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, а в тамбовских землях он завершился позже, чем в центральных губерниях. Тем не менее, к концу XIX века фамилия Молоканов уже прочно бытовала в крестьянских метриках и ревизских сказках. Сегодня она остаётся живым напоминанием о том, как религиозные споры и бытовые прозвища предков превращались в родовые имена, которые мы носим спустя два столетия.