Фамилия Молоканова напрямую связана с прозвищем Молокан, которое в старину давали представителям религиозного течения, возникшего на рубеже XVIII–XIX веков в Тамбовской губернии. Молокане отвергали православный культ: не признавали икон, святых, церковной иерархии и клира, не соблюдали посты, не ели свинину и не пили спиртного. Вероятно, так прозвали человека, разделявшего убеждения приверженцев этой секты или чем-то на них похожего — например, строгим поведением или отказом от привычной церковной жизни.

Само название «молокане» имеет как минимум две версии происхождения. По одной из них, их так прозвали православные соседи: молокане пили молоко в постные дни, когда приём «скоромной» пищи запрещён канонами, — это бросалось в глаза и вызывало осуждение. По другой версии, это самоназвание, отсылающее к библейской метафоре «духовное молоко» — символу чистоты и простоты веры. Какая из версий точнее — вопрос спорный, но для истории фамилии важно другое: в любом случае прозвище Молокан закрепилось за конкретным человеком, а его потомки со временем получили фамилию Молоканова.

Интересно, что в отличие от большинства русских фамилий, образованных от имён, профессий или черт характера, эта фамилия отражает редкий для ономастики случай — связь с вероисповедной принадлежностью. Суффикс -ов указывает на типичную патронимическую модель: Молоканова — это буквально «дочь (или жена) Молокана». Форма с окончанием -а, а не -ов, говорит о том, что перед нами женский вариант фамилии либо фамилия в женском роде, что характерно для большинства русских фамилий этого типа.

Носительница фамилии Молоканова может проследить свою родословную до человека, которого окружающие выделяли по религиозному признаку. Возможно, её предки действительно принадлежали к общине молокан, которые в XIX веке селились не только в Тамбовской губернии, но и в Закавказье, Поволжье и на Дальнем Востоке. Однако не исключено, что прозвище дали идейному стороннику или просто человеку с устойчивой репутацией «не как все». Однозначно ответить на этот вопрос без глубоких генеалогических изысканий нельзя, но само происхождение фамилии — редкий пример того, как история религиозных движений России отразилась в фамильном имени.