Фамилия Молоканин — один из тех случаев, где на первый план выходит не столько личное прозвище, сколько религиозная и социальная история. Корень здесь — «молокан». Это название последователя одной из ветвей духовного христианства, возникшей в России в XVIII веке. Молокане отвергали церковную иерархию, иконы и обряды, а своё имя получили за то, что во время постов пили молоко, вопреки церковным правилам. Таким образом, Молоканин — это не «сын того, кто любит молоко», а «потомок молоканина».

Гораздо интереснее, что суффикс «-ин» в этой фамилии указывает не на принадлежность отцу (как в случае Иванов — сын Ивана), а на принадлежность к общине или группе. В русской ономастике модель «этноним + -ин» обычно обозначает выходца из какой-то среды: татарин — Татаринов, калмык — Калмыков. Молоканин — буквально «тот, кто из молокан». Это не прозвище за поведение, а указание на вероисповедание предка, которое в крестьянской среде XIX века было едва ли не главным маркером идентичности. Молоканство было особенно распространено в Тамбовской, Саратовской, Самарской губерниях, а позже — на Кавказе и в Закавказье, куда молокан ссылали или переселяли. Фамилия Молоканин, скорее всего, закрепилась именно в этих регионах, а не в центральной России.

Встречается и более прозаичная версия: отчество от прозвища Молокан — человека, который торговал молоком или пил его в неумеренных количествах. Но она заметно слабее. Во-первых, прозвища от продуктов питания (Сметанин, Творогов) редки и обычно связаны с ремеслом, а не с бытовым потреблением. Во-вторых, в документах XVIII–XIX веков фамилия Молоканин регулярно встречается именно в списках раскольников и сектантов, что прямо указывает на религиозный контекст. Поэтому версию с торговлей молоком стоит считать второстепенной, возможной только в единичных случаях.

Фамилия не получила массового распространения — она локальна и маркирована. Её носители в большинстве своём потомки тех самых молокан, которые в XIX веке составляли замкнутые общины со своим укладом. В советское время фамилия утратила религиозную окраску, но до сих пор чаще встречается в Ставропольском крае, Ростовской области и в Закавказье — там, где молоканские поселения сохранялись дольше всего.