Фамилия Молокин образована по одной из самых распространённых моделей русского именования — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность. Буквально: «чей?» — Молокин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Молока. Основа здесь — слово «молоко», и сразу возникает вопрос: что за человек мог получить такое прозвище? В отличие от фамилий, которые прямо выводятся из профессии («сын мельника»), Молокин, скорее всего, обязан прозвищу, а не роду занятий.

Самая прямая версия: прозвище Молока могли дать человеку с очень белой, «молочной» кожей или светлыми волосами. В крестьянской среде, где лица были обветрены и загорелы от работы на солнце, такая особенность бросалась в глаза. Вторая, менее очевидная, но вполне реальная версия — прозвище по характеру. «Молоком» в народе называли мягкого, уступчивого, незлобивого человека, в котором нет «остроты» и жёсткости. Третья, самая редкая гипотеза — связь с местным диалектным словом. В некоторых говорах «молокан» означало не только сектанта-молоканина, но и просто любителя молока, либо человека, который торговал молочными продуктами. Но это уже натяжка: для обозначения торговца молоком в русском языке существовало слово «молочник», и фамилия от него звучала бы как Молочников.

Интересно, что фамилия Молокин не так уж распространена, как, скажем, Молоков, хотя корень тот же. Суффикс -ин чаще присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я (Молока → Молокин), а -ов — к основам на твёрдый согласный (Молок → Молоков). То, что фамилия пошла от «Молоки», а не от «Молока», указывает именно на прозвищную, а не на профессиональную природу: имя-прозвище Молока — это живая, уменьшительно-ласкательная или описательная форма. По сословному составу Молокины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, без привязки к дворянству: фамилии на -ин от нарицательных прозвищ — типичный «низовой» слой русской ономастики.