Фамилия Молоковская образована от прозвища Молоковский, которое восходит к топониму Молоково. Такое название носит поселок городского типа, административный центр Молоковского района Тверской области. Впервые Молоково упоминается в 1568 году. В начале XVII века Молоково было разорено польскими интервентами. До 1714 года село являлось вотчиной Троице-Сергиева монастыря, затем было передано Александро-Невскому монастырю. Во второй половине XVIII века Молоково представляло собой крупное торговое село, где регулярно устраивались ярмарки. Также на территории России есть поселок Молоковка. Не исключено, что поселения с подобными названиями существовали и ранее в России и на Украине. Сами топонимы Молоково и Молоковка ведут свое начало от слова «молоко». Скорее всего, эти селения славились большими удоями молока. Вероятно, основатель рода Молоковских родился или долгое время жил в одном из указанных выше населенных пунктов. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Молоковский, со временем получил фамилию Молоковская.