Фамилия Молоков происходит от мирского имени или прозвища Молоко, которое давали в крестьянской среде до повсеместного распространения канонических церковных имен. В основе лежит нарицательное «молоко». Такие «молочные» имена не редкость в русской ономастике: их давали по разным причинам. Например, Молоком могли назвать младенца, которого долго вскармливали материнским молоком, желая подчеркнуть его здоровье и связь с матерью. Но чаще подобные прозвища закреплялись за взрослым человеком — возможно, за молочником, торговцем молоком или пастухом, чей скот славился удоями.

Суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательное значение: Молоков буквально означает «сын Молока» или «человек из рода Молоковых». Такая модель образования — от личного прозвища через притяжательное прилагательное — одна из самых древних и массовых в русских фамилиях. Она закрепилась еще в XV–XVII веках, когда за потомками закреплялось указание на отца или деда.

Есть и третья, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть не от прозвища, а от названия населенного пункта. В России существует несколько деревень и сел с названием Молоково, например, в Костромской и Ярославской областях. Переселенец из такого места мог получить прозвище Молоковский или Молоков, которое затем превратилось в фамилию. Эта версия правдоподобна, но менее распространена, чем прозвищная: топонимические фамилии обычно сохраняют суффикс -ский.

Точное время и место возникновения фамилии Молоков установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий и шел неравномерно в разных регионах. В северных землях фамилии появлялись раньше, в центральных и южных — позже. Однако ясно, что фамилия Молоков — не случайное сочетание звуков, а живой след народной культуры, в котором сохранилось и древнее слово, и модель именования, и, возможно, память о конкретном человеке — молочнике, пастухе или просто отце семейства по прозвищу Молоко.