Фамилия Молаканова представляет собой фонетический вариант фамилии Молоканов. В свою очередь фамилия Молоканов образована от прозвища Молокан. Оно восходит к существительному «молокан». Так называют последователя одной из разновидностей духовного христианства. Молокане отличаются символическим толкованием Библии. Это течение отличается тем, что его приверженцы не признают икон, святых, не имеют церковной иерархии, признают поклонение Богу только в духе и истине, а также не употребляют в пищу свинину, спиртное, не курят. Есть несколько версий происхождения термина «молокане». Согласно одной из них, молокане пили молоко в постные дни, когда прием «скоромной» пищи запрещен православными канонами, за что их и прозвали молоканами. Вероятно, прозвище Молокан принадлежало последователю этого течения в христианстве. Так и прозвище Молокан закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Молаканов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Молокан, со временем получил фамилию Молаканов.