Фамилия Молдакунова восходит к составному личному имени Молдакун, которое складывается из двух основ. Первая часть — киргизское «молдо» — так в азиатских странах называли человека, прошедшего обучение в мусульманской школе и овладевшего арабской грамотой. В переводе это слово означает «грамотный человек», и в старину оно звучало как уважительное обозначение учёности, а не просто как характеристика умения читать. Вторая часть имени — тюркское «кун» — переводится как «солнце». Соединив эти смыслы, получаем буквальное значение имени Молдакун: «грамотный человек с ясным умом», где солнце выступает метафорой просвещённости и светлого мышления.

Сама фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе Молдакун добавлен притяжательный суффикс -ов, а затем женское окончание -а. То есть Молдакунова — это форма, отвечающая на вопрос «чья?» и первоначально означавшая «дочь или жена человека по имени Молдакун». Мужской вариант — Молдакунов — закрепился за потомками носителя этого имени.

Интересно, что фамилия сохранила в себе следы сложного культурного пограничья. С одной стороны, она отражает тюркскую и мусульманскую традицию, где грамотность ценилась как редкое и почётное умение. С другой — сама фамилия существует в русской грамматической форме, что говорит о длительном взаимодействии народов и языков. Подобные имена-композиты, где соединяются социальный статус и природный образ, встречаются в тюркской антропонимии нечасто, и Молдакун выделяется на их фоне тем, что вторая часть — «кун» — имеет прямое отношение к свету, а не к титулам или родству.

Процесс формирования фамилий у многих народов Центральной Азии шёл неравномерно и растянулся на столетия. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Молдакуновых можно лишь на основании генеалогических исследований, которые опираются на архивные документы, метрические записи и устные семейные предания. Ясно одно: предки носителей этой фамилии, судя по имени, пользовались уважением в своей общине как люди образованные, а само имя должно было подчёркивать их умственную одарённость.