Фамилия Молдакунова образована от имени Молдакун, которое ведет свое начало от двух слов: киргизского «молдо» и тюркского «кун». Первое в переводе на русский язык означает «грамотный человек». Обычно в азиатских странах молдо называли человека, который учился в мусульманской школе и овладел арабской грамотой. Слово «кун» имеет значение «солнце». Таким образом, имя Молдакун в буквальном смысле означает «грамотный человек, с ясным умом». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Молдакуновых можно лишь на основании генеалогических исследований.