Фамилия Молдаков звучит так, будто её носитель родом из Молдавии. И это первая и самая очевидная версия. В основе — прозвище или этническое определение «молдак», то есть молдаванин. В русских говорах и документах XVI–XVII веков выходцев из Молдавского княжества действительно называли «молдавами» или «молдаками». Человек, получивший такое прозвище, мог быть переселенцем, пленником, осевшим на русской службе, или просто торговцем, приехавшим из тех краёв. Фамилию образовали по стандартной модели: к основе на твёрдый согласный добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Молдака).

Однако вторая версия, хотя и менее популярная, заслуживает внимания. В некоторых русских говорах «молдак» — это не национальность, а диалектное слово. Например, в рязанских и тамбовских говорах так могли назвать неопрятного, грязного человека (от «молда» — грязь, муть). Есть и редкое значение — «молодой, неопытный парень». Если фамилия возникла в глубине России, где контакты с молдаванами были редкостью, то прозвище скорее относилось к внешнему виду или характеру. Разобраться помогает география: старые записи фамилии Молдаков встречаются в документах по Воронежской, Курской и Саратовской губерниям — как раз на пограничье, где оседали выходцы из южных земель. Это делает этническую версию более вероятной.

В написании фамилии примечателен суффикс. Если бы основа оканчивалась на мягкий согласный или «ц», мы бы получили Молдаков — но в реальности форма «Молдаков» единична и архаична. Вариант с твёрдым «к» — основной, и он же указывает на то, что прозвище было именно «Молдак», а не «Молдак». В бытовой речи фамилию могли путать с «МолдАков» (ударение на второй слог), но нормативное ударение — на последний слог, как у большинства фамилий на -ов.

Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, но это не делает её менее интересной. Она — живой след миграционных процессов XVI–XVII веков, когда русское население активно осваивало южные окраины, а вместе с ним оседали и люди из соседних государств. Так что предки современных Молдаковых, скорее всего, были либо служилыми людьми, либо крестьянами, переселившимися с юго-запада, и их прозвище закрепилось в документах как родовое имя.