Фамилия Молдоходжаев образована от тюркского мужского имени Молдоходжа. Первая из них восходит к киргизскому «молдо» - «просвещенный, образованный человек». Вторая часть ведет свое начало от имени Ходжа, которое в переводе с персидского означает «хозяин, владелец, господин», «обладающий большими знаниями, наставник, учитель». Таким образом, потомок человека, которого звали Молдоходжа, со временем получил фамилию Молдоходжаев.